در صورتي که موديان مالياتي به نحوه رسيدگي به پرونده مالياتي خود اعتراض داشته باشند مي توانند
 روش های مختلفي را براي
رفع حل اختلاف خويش با اداره امور مالياتي برگزينند که در ذيل به شرح آنها خواهيم پرداخت.

1-     مراجعه به اداره امور مالياتي در مواردي که برگ تشخيص ماليات صادر و به مودي ابلاغ مي شود .

در صورتي که مودي نسبت به آن معترض باشد مي تواند ظرف سي روز از تاريخ ابلاغ شخصاً يا بوسيله وکيل تام الاختيار خود به اداره امور مالياتي مراجعه و با ارائه دلائل و اسناد و مدارک کتباً تقاضاي رسيدگي مجدد نمايد.( رييس امور مالياتي -مميز کل)؛ موظف است پس از ثبت درخواست مودي در دفتر مربوطه و ظرف مهلتي که بيش از سي روز از تاريخ مراجعه نباشد به موضوع رسيدگي نمايد. در جريان رسيدگي پرونده توسط رييس اداره امور مالياتي سه وضعيت ممکن است پيش آيد

الف) اگر دلائل و اسناد و مدارک ابرازي مودي براي رد مندرجات برگ تشخيص کافي باشد رئيس امور مالياتي ضمن رد مندرجات مراتب را در ظهر برگ تشخيص درج و امضاء مي نمايد.

 ب) در صورتيکه رئيس امور مالياتي بر اساس اسناد و مدارک ارائه شده تشخيص دهد درآمد مودي قابل تعديل مي باشد و اين امر مورد قبول مودي نيز قرار گيرد، در اين حالت مي بايست مراتب منبع مورد توافق در ظهر برگ تشخيص درج و به امضاي مسئول مربوطه و مودي مالياتي يا وکيل تام الاختيار وي برسد.

 ج) اگر رئيس اداره امور مالياتي اسناد و مدارک ارائه شده توسط مودي را براي رد برگ تشخيص يا تعديل درآمد موثر تشخيص ندهد بايد دلايل عدم قبول مدارک در ظهر برگ تشخيص منعکس و پرونده مودي را به هيات حل اختلاف مالياتي ارجاع دهد.

2- رسيدگي مجدد پرونده مالياتي در مرجع هيات حل اختلاف بدوي اگر ابلاغ برگ تشخيص براساس مقررات تبصره ماده (203) و ماده 208 قانون ماليات هاي مستقيم (ابلاغ قانوني) شده باشد و مودي مالياتي هيچ اقدامي بعمل نياورد، در حکم اعتراض به برگ تشخيص شناخته مي شود. و نيز اگر مودي ظرف مهلت سي روز از تاريخ ابلاغ کتباً به برگ تشخيص اعتراض نمايد پرونده جهت رسيدگي به هيات حل اختلاف مالياتي بدوي که متشکل از سه نفر است ، يک نفر نماينده سازمان امور مالياتي کشور، يک نفر يک نفر قاضي اعم از شاغل يا بازنشسته و يک نفر نماينده اتاق بازرگاني و يا مجامع حرفه اي يا تشکل هاي صنفي و ... مي باشد، ارجاع داده مي شود. بدين ترتيب هنگامي که زمان تشکيل جلسه هيات تعيين گرديد برگه دعوت به هيات حل اختلاف مالياتي به مودي ابلاغ مي شود. البته فاصله تاريخ ابلاغ و روز تشکيل جلسه رسيدگي هيات نبايد کمتر از ده روز باشد مگر به درخواست مودي و موافقت واحد مربوطه. شايان ذکر است که جلسات هيات حل اختلاف مالياتي با حضور سه نفر رسمي خواهد بود و راي هيات با اکثريت آرا ، قطعي و لازم الاجراست ولي نظر اقليت نيز بايد در متن قيد شود.

3- رسيدگي مجدد پرونده مالياتي در مرجع هيات حل اختلاف مالياتي تجديد نظر پس از آنکه هيات حل اختلاف مالياتي بدوي تشکيل و راي مقتضي صادر و به مودي ابلاغ گرديد، در صورتي که مودي نسبت به راي هيات حل اختلاف بدوي اعتراض داشته باشد مي توانند ظرف مدت 20 روز از تاريخ ابلاغ راي به هيات حل اختلاف مالياتي تجديد نظر مراجعه و تقاضاي رسيدگي مجدد نمايد. بدين ترتيب مودي مالياتي براي شرکت در هيات حل اختلاف تجديد نظر مکلف است مقدار ماليات مورد قبول خود را پرداخت کرده و نسبت به مازاد بر آن اعتراض خود را در مدت مقرر تسليم نمايد. لازم به ذکر است نمايندگان عضو هيات هاي حل اختلاف مالياتي تجديد نظر نبايد نسبت به موضوع مطروحه اظهارنظر داشته يا راي داده باشند.

4- طرح پرونده در شوراي عالي مالياتي چنانچه موديان مالياتي نسبت به راي قطعي صادره از سوي هيات حل اختلاف مالياتي معترض باشند مي توانند ظرف يکماه از تاريخ ابلاغ به شوراي عالي مالياتي مراجعه نموده و پس از تکميل و تنظيم فرم واخواهي مدارک خود را شامل تصوير راي هيات و ساير اسناد و مدارک مثبته به شورا تحويل و تقاضاي رسيدگي مجدد نمايند. ضمناً بايستي موديان به ميزان ماليات مورد راي، وجوه نقد يا تضمين بانکي سپرده و يا وثيقه ملکي يا ضامن معتبر که اعتبار ضامن مورد قبول اداره امور مالياتي باشد معرفي کند تا راي قطعي هيات حل اختلاف مالياتي تا صدور راي شوراي عالي مالياتي موقوف الاجرا گردد. شعبه مزبور نيز موظف است بدون ورود به ماهيت امر صرفا از لحاظ رعايت تشريفات وکامل بودن رسيدگي هاي قانوني و مطابقت مورد با قوانين و مقررات موضوعه ، به موضوع رسيدگي نمايد.

5-.مراجعه به هيات موضوع ماده 251 مکرر؛ ممکن است اعتراض مودي در مورد مالياتهاي قطعي موضوع اين قانون و نيز مالياتهاي غير مستقيم که در مرجع ديگري قابل طرح نباشد، به هياتي مرکب از سه نفر به انتخاب وزير امور اقتصادي و دارايي احاله گردد. بدين ترتيب مودي مي تواند به ادعاي غير عادلانه بودن ماليات و به استناد مدارک و دلائل کافي از هيات مذکور تقاضاي رسيدگي مجدد را نمايد ، راي هيات به اکثريت آرا قطعي و لازم الاجرا مي باشد.

 6-هيات حل اختلاف موضوع ماده 216 قانون مالياتهاي مستقيم مرجع رسيدگي به شکايات ناشي از اقدامات اجرائي راجع به مطالبات دولت از اشخاص، اعم از حقيقي يا حقوقي که طبق مقررات اجرائي مالياتها قابل مطالبه و وصول مي باشد، هيات حل اختلاف مالياتي خواهد بود که به اعتراضات مزبور به فوريت و خارج از نوبت رسيدگي و اقدام به صدور راي مجدد نمايد. راي صادره قطعي و لازم الاجرا است.